L’ISAE est attribuée depuis le 1er septembre 2013. À l’époque, elle était présentée ainsi : « Cette indemnité vise à tenir compte de l’évaluation pédagogique des élèves et des temps de travail en équipe, notamment pour la mise en place de la nouvelle organisation des rythmes scolaires et les projets éducatifs territoriaux, ainsi que du temps consacré au dialogue avec les familles des élèves ». Nouveautés en septembre 2025 : la création d’une « part modulable » de l’ISAE et la possibilité de terminer une « mission Pacte » l’année N+1.